All’interno del progetto di recupero, adeguamento funzionale e valorizzazione della “Cittadella Micaelica”, progettato dal gruppo di lavoro coordinato dall’arch. Nunzio Tomaiuoli e diretto dall’arch. Lucia Patrizia Caliandro (Segretariato Regionale per i Beni Culturali e Paesaggistici della Puglia e Soprintendenza Belle Arti e Paesaggio per le province di Bari, Barletta-Andria-Trani e Foggia), un intervento fondamentale è stato quello del restauro conservativo delle emergenze architettoniche ed artistiche, in cui l’indispensabile collaborazione tra le differenti professionalità interne all’amministrazione (la storica dell’arte Antonella Simonetti ed i restauratori Maria Letizia De Bellis Vitti, Vito Iacobellis, Francesca Vescera) ha contribuito ad una valorizzazione integrata del complesso di edifici interessati dall’intervento. In particolare, l’area monumentale, di cui fanno parte i tre edifici di San Giovanni in Tumba, San Pietro e Santa Maria Maggiore, godrà infatti di nuova luce. Oggetto fin dalla fine dell’Ottocento di studi e proposte progettuali, i tre edifici che fanno parte del complesso, sono stati al centro di un dibattito che portò ad interventi sostanziali mirati alla loro conservazione. I primi provvedimenti per la tutela del complesso monumentale documentati, secondo quanto emerso dalla ricerca archivistica, sono infatti alcune perizie redatte dal Genio Civile a partire dal 1876, in cui veniva segnalato il grave stato di degrado della Tomba di Rotari. Fu prevista a quell’epoca la demolizione e ricostruzione di tutta la parte superiore dell’edificio, sino al piano del secondo ordine di finestre, utilizzando gli stessi materiali, ossia pietra calcarea estratta dalle cave di Monte S. Angelo, e seguendo le linee architettoniche originarie. Inoltre, furono costruiti nuovi contrafforti angolari di rinforzo in corrispondenza del primo tamburo, a partire dall’estradosso della prima galleria fino al livello del secondo ordine di finestre, cioè per un’altezza totale di 4,5 metri. E’ invece del 1890 la realizzazione del barbacane di sostegno presso l’angolo sud-est e dei due ordini di catene (fasciature in ferro) collegate a mezzo di telai lignei, in modo da scongiurare la completa demolizione della parte superiore dell’edificio. Interventi successivi furono realizzati dall’ispettore Centrale Giacomo Boni, nel 1892, mentre nel 1894, per volontà del municipio, con il pretesto che l’antica chiesa San Pietro fosse pericolante e per isolare la Tomba di Rotari, la chiesa fu completamente demolita, a meno dell’abside terminale, tuttora esistente. Ulteriori studi, analisi di dissesto e azioni modificatorie risalgono al 1909, al 1922 ed al 1923, mentre le ultime importanti campagne di restauri dirette dall’arch. B. Apollony Ghetti nel 1967-73 e dall’ing. G. De Tommasi dal 1978 al 1982, oltre che quella ultimata nel 2000, in vista del Giubileo, hanno portato il complesso ad assumere l’aspetto attuale, oggi oggetto di un nuovo importante restauro di tipo conservativo. Lo spazio a cielo aperto, che conserva i resti della Chiesa di San Pietro e il sagrato antistante la Chiesa di Santa Maria Maggiore, che si trovano a due quote distinte, erano fino ad oggi totalmente separati da un setto murario con sovrastante cancellata. Il progetto prevede un nuovo collegamento tra le due aree, finalizzato alla definizione di un unicum spaziale ed effettuato sia attraverso una breve scalinata che con una rampa per diversamente abili, entrambe poste in prossimità dal portale di accesso del sagrato della Chiesa di Santa Maria Maggiore. Due nuovi portali previsti in vetro e profilo in acciaio corten garantiranno il nuovo accesso ed una costante visibilità all’area su cui affacciano sia San Giovanni in Tumba che la Chiesa di Santa Maria Maggiore.
Le opere di restauro architettonico realizzate consistono per San Giovanni in Tumba nella revisione delle apparecchiature murarie esterne, nel trattamento deumidificante delle pareti interne e nell’integrale rifacimento della pavimentazione interna in cocciopesto; nella Chiesa di Santa Maria Maggiore è stata invece eseguita la revisione integrale e la pulitura della facciata, oltre che la revisione delle basole poste a copertura della stessa. Anche i portali ed i rilievi scultorei , sono stati ripuliti e restaurati, come gli affreschi interni ai due complessi e gli elementi lapidei erratici presenti internamente a Tomba di Rotari. In particolare gli affreschi conservati nella Chiesa di Santa Maria Maggiore, oltre a rappresentare una chiave importante per l’interpretazione della pittura nella zona nel XIII e XIV secolo, consentono ora più di prima, nella loro rinnovata presentazione estetica, di cogliere elementi importanti per la comprensione della società dell’epoca a cominciare dall’abbigliamento, caratterizzato da tessuti arricchiti di ricami preziosi. Un’attenta progettazione illuminotecnica valorizza l’area evidenziando i resti di San Pietro, gli elementi principali delle facciate di Santa Maria Maggiore e San Giovanni in Tumba e gli interni dei due monumenti. Apparecchi illuminanti sono stati incassati nella nuova pavimentazione in pietra di Minervino, per favorire una rilettura planimetrica della Chiesa ed evidenziare i pochi allineamenti dell’antico impianto della chiesa di San Pietro ancora visibili. Gli interventi progettuali hanno tenuto conto, in particolare modo, dei visitatori e della possibilità di offrire loro un percorso di conoscenza e scoperta. Durante le visite in notturna, un sistema di illuminazione “intelligente” sincronizzato con un apparato audio, farà rivivere lo spirito del luogo e apprezzare al meglio la storia che permea l’interno di Tomba di Rotari e l’area dell’ex Chiesa di San Pietro, ampliamente raccontata attraverso le decorazioni scultoree, i capitelli, i fregi, caratterizzati da un programma iconografico ricco con scene dell’Antico e del Nuovo Testamento, motivi vegetali e personaggi femminili allegorici. La riproposizione e/o nuova realizzazione di elementi metallici (ringhiere, scalinata interna, strutture a pavimento), che ben si integrano con il luogo, completano l’intervento, insieme agli apparati multimediali che accoglieranno e accompagneranno il visitatore nella fruizione e comprensione dei luoghi. I lavori hanno riguardato anche la chiesa della Madonna della Libera, che sorge poco distante dall’atrio superiore della Basilica e comunque nel perimetro della medesima. Essa fu costruita nel 1879 ampliando il vecchio oratorio di s. Anna e ristrutturando l’area del cortile antistante occupata in parte da un antico cimitero. Nel secolo scorso, dopo la demolizione della chiesa di San Pietro, fu sede per lungo tempo dell’unica parrocchia cittadina affidata al Capitolo di San Michele. Qui si è operato con un consolidamento statico orientato a liberare gli estradossi degli archi, della volta e della cupola dal carico di materiale di riporto ivi ammassato e costipato, causa anche della presenza di quadri umidi, oltre che con integrale revisione di intonaci esterni, con la ripresentazione estetica degli interni e con la sostituzione degli infissi. E’ stato inoltre previsto un nuovo impianto di illuminazione, volto ad enfatizzare anche l’interno della suddetta Chiesa ed il rifacimento della pavimentazione antistante la stessa, al fine di intervenire contestualmente per ridurre le infiltrazioni di umidità di risalita e per livellare le numerose asperità e difformità materiche che l’attuale sagrato presenta, pur preservandone l’originario basolato.